我应该使用哪种布局来获取igraph中的非重叠边?

我正在尝试使用树状数据构建图,其中节点通常分割为>2条边。我尝试过各种布局,我发现layout.reingold.tilford参数将生成具有非分叉数据的树状图。然而,产出并不是特别有吸引力。我宁愿使用layout.lgl或layout.kamada.kawai之类的东西,因为它们会产生更多的径向结构。我不知道如何更改R中的参数,使这些树没有重叠的边。这可能吗

我以Pajek格式导入了一个简单的数据文件,包含355个节点和354条边。我目前正在使用以下方式打印:

plot.igraph(g,vertex.size=3,vertex.label=NA,layout=layout.lgl)

这给了我一个这样的输出,这很好,但仍然有重叠的边缘。我已经读到,你可以使用tkplot或其他类似cytoscape的程序手动修复这个问题,但是我有很多要构建的程序,它们的大小使得手动更正很麻烦

非常感谢。

只是想添加一条评论,但我的代表太低了。@bdemarest发布的方法在igraphversion>0.7上不起作用。较新版本不支持区域参数,因此无法获得相同的效果。我花了一段时间才完成旧版本的构建,所以我想我会分享一些见解。如果从igraph夜间版本下载,则可以从源代码手动安装igraph0.7。在我的机器(Mac OS 10.10)上,由于gfortran,我在构建它时遇到了一些问题,因此我找到了解决问题的这个链接。希望这能帮助任何想在R中创建类似图的人

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